Créée le 1er juillet 2010 par la fusion de deux agences sanitaires françaises : l'Afssa (Agence française de sécurité sanitaire des aliments) et l'Afsset (Agence française de sécurité sanitaire de l'environnement et du travail), l'Anses est placée sous la tutelle des ministères chargés de la santé, de l'agriculture, de l'environnement, du travail et de la consommation (articles L. 1313-1 et suivants du code de la santé publique). En reprenant les missions et moyens respectifs de ces deux agences, l'Anses offre une lecture transversale des questions sanitaires en santé humaine, animale et végétale.

L'Agence appréhende ainsi de manière globale les expositions auxquelles l'Homme peut être soumis à tous les âges et moments de sa vie : travail, domicile, déplacements, loisirs.

Elle apporte donc son expertise dans les domaines du travail, de l'environnement, de l'alimentation, de la santé et du bien-être des animaux, de la santé des végétaux avec un objectif prioritaire : contribuer à assurer la sécurité des travailleurs et des consommateurs. Elle peut être saisie par les associations de consommateurs agréées.

L’ANSES est gouverné par un conseil d’administration, auquel participent 4 représentants d’associations nationales de consommateurs (pour le mandat 2019-2022 : ADEIC, ALLDC, CLCV, CNAFAL)